Flyet forsøkte å lande på øya Jolo i Sulu-provinsen da det krasjet søndag formiddag lokal tid.
92 personer var om bord, hvorav mange unge menn som nylig avsluttet sin første opplæring i forsvaret.
Filippinenes forsvarssjef opplyste tidligere at minst 40 soldater var reddet ut av det brennende flyvraket. Flyet var av typen Lockheed C-130 Hercules. Bilder viser hvordan røk og flammer står opp fra flyet.
– Nødetatene er på stedet nå, vi ber for at vi kan redde flere liv, sier general Cirilito Sobejana.
– Flyet bommet på rullebanen og forsøkte å få kontrollen tilbake, men mislyktes og krasjet, sier han videre.
Flyet transporterte soldater som skulle utplasseres på Jolo, en øy som lenge har vært preget av et ytterliggående islamist-opprør.
Jihadistgruppa Abu Sayyaf er blant dem som er aktive i den sørlige delen av Filippinene.
(©NTB)
Ny tragedie i Middelhavet - over 40 har druknet
(©NTB)
