Talsperson Jonathan Concrius sier det i en oppdatering på den offisielle siden til hæren på det sosiale mediet X.
Hamas har avvist påstandene.
Opplysningene ble spredt etter at internasjonale medier ble invitert inn i kibbutzen Kfar Aza.
Concrius sier imidlertid at opplysningene han har, er at dette skjedde i kibbutzen Be'eri.
– Kunne ikke tro det
– Jeg innrømmer at det tok oss tid å ta det inn over oss og bekrefte dette. Det var vanskelig å tro at selv Hamas kunne gjøre noe så barbarisk, sier Concrius.

– Men etter at øyevitner kom fram og etter at en høytstående tjenestemann i den israelske redningstjenesten Zaka kom fram og sa at han hadde sett likene til halshoggede babyer, kan si med relativ sikkerhet at dette skjedde i Be'eri, sier han.
Concrius sier det var en rettsmedisiner fra Zaka som kom med den opplysningen. Zaka er en israelsk redningstjeneste.
– Det lå lik overalt. Kvinner og barn som var iført håndjern og skutt. Hus som var brent ned. Det var scenene i Ber'eri, sier talspersonen.
Hamas har i en uttalelse på Telegram skrevet at de ikke dreper barn. Ifølge IDF er det imidlertid snakk om flere drepte barn og babyer i flere kibbutzer.
Biden: Hat og ondskap
Natt til torsdag sa også USAs president Joe Biden at han hadde fått informasjon om drap på barn. Presidenten sa på et møte med jødiske ledere at han hadde bekreftede bilder på dette.
– Dette angrepet var rent hat. Ikke bare hat, men ondskap mot det jødiske folket. Jeg hadde aldri trodd at jeg skulle se og ha bekreftede bilder på terrorister som halshogger barn, sa Biden.

Nye angrep mot Gaza: - Vi flyktet fra fare og rett inn i døden
Det hvite hus rykket senere ut og sa at Biden ikke hadde slike bilder, men at han baserte informasjonen sin på opplysninger fra talspersonen til statsminister Benjamin Netanyahu og medieoppslag.
Netanyahu sa på sin side onsdag at Hamas-krigerne halshugget soldater og voldtok kvinner.
– Kan ikke beskrives
Amerikanske CBS var blant mediene som ble invitert med til kibbutzer. De skriver at en talsperson for hæren, Libby Weiss, sier at flere soldater har meldt fra at de har sett halshoggede barn i Kfar Aza.
Hun sier at det var snakk om babyer og eldre barn.

Natos tålmodighet i ferd med å renne ut: - Det må skje nå
Yossi Landau, som leder Zakas operasjoner i Sør-Israel, bekrefter overfor CBS at han med egne øyne har sett barn og babyer som ble halshogget.
– Jeg har sett mye som ikke kan beskrives nå, fordi det er for vanskelig å beskrive, sier han.
(NTB)