En person skal være død, melder AFP, som viser til gresk TV. Den omkomne mannen arbeidet i en kirke som raste sammen under skjelvet.
Episenteret ligger cirka 2 mil sør for øyas største by Heraklion og 7 kilometer nord for lanbdsbyen Thrapsano.
EMSC anga først styrken til 6,5, men nedjusterte deretter til 6,0.
Atens geodynamiske institutt anslår at skjelvet hadde en styrke på 5,8. Det er vanlig med ulike målinger av styrken på et jordskjelv rett etter at det har inntruffet.
Skjelvet rammet cirka klokka 8.20 norsk tid mandag morgen. På Kreta var klokka 9.20.
TV-bilder viser at mange mennesker flyktet ut på gaten, og øyenvitner melder om skader på bygninger.
Det er foreløpig ikke kommet meldinger om personskader.
(©NTB)