Det statlige afghanske nyhetsbyrået Bakhtar melder at minst 255 personer omkom i skjelvet natt til onsdag.
En lokal embetsperson sier til BBC at minst 250 personer er døde og at tallet trolig kommer til å stige.
Men opplysningene spriker, og nyhetsbyrået AFP siterer en afghansk kilde som forteller at minst 40 har omkommet.
Tjenestepersoner ble truet og hetset etter at de avviste valgfusk-påstander
I sosiale medier er det lagt ut bilder av bygninger bygget av leire, med store skader, i avsidesliggende områder.
Ber om hjelp
– Et alvorlig jordskjelv rystet fire distrikter i Paktia-provinsen. Flere hundre av våre landsmenn omkom eller ble skadd, og flere titalls hus ble ødelagt, skriver Bilal Karimi, en talsmann for Taliban-myndighetene, på Twitter.
– Vi oppfordrer alle hjelpeorganisasjoner til å sende team til området umiddelbart for å forhindre en ytterligere katastrofe, legger han til.
Mange internasjonale hjelpeorganisasjoner har imidlertid forlatt Afghanistan etter at vestlige styrker trakk seg ut av landet og Taliban grep makten i fjor.
Jordskjelvet hadde en styrke på 5,9, ifølge US Geological Survey. Episenteret var 46 kilometer sørvest for byen Khost.
Direktøren for nyhetsbyrået Bakhtar skriver på Twitter at om lag 90 hus er ødelagt og at mange mennesker kan ligge under bygningsrestene.
Svarer på Russland-trussel: – USAs forpliktelse til artikkel 5 står «fjellstøtt»
Pakistan berørt
Også deler av Pakistan ble berørt av skjelvet, ifølge Reuters. Det rammet områder som er tett befolket.
I Pakistan kunne skjelvet merkes både i hovedstaden Islamabad og den østlige Punjab-provinsen. Ifølge det pakistanske meteorologiske instituttet hadde jordskjelvet en styrke på 6,1.
Også i India var rystelsene merkbare, opplyser det europeiske seismologiske byrået EMSC. Det bor over hundre millioner mennesker i områdene der folk merket skjelvet i de tre landene.
Afghanistan blir forholdsvis ofte rammet av jordskjelv, særlig i fjellkjeden Hindu Kush, som ligger der to deler av jordskorpa møtes.
