Den palestinske presidentens uttalelse falt under en pressekonferanse med Tysklands statsminister Olaf Scholz i Berlin tirsdag.
Abbas fikk spørsmål om han ville beklage den palestinske terroraksjonen under OL i München i 1972, noe han avviste å gjøre.
– Hvis du vil snakke om fortiden, så sett i gang. Jeg har 50 nedslaktinger Israel har begått, sa han og anklaget Israel for å ha begått holocaust flere ganger mot palestinerne.
– Kvalmende
Scholz konfronterte ikke Abbas direkte med uttalelsen, men har i ettertid tatt sterkt avstand fra den palestinske presidentens begrepsbruk.
– For oss tyskere er enhver relativisering av holocaust uakseptabel og noe vi ikke kan tolerere, sier han til Bild.
– Jeg er forferdet over de opprørende uttalelsene fra Abbas, skrev han på Twitter.
EU-kommisjonens visepresident Margaritis Schinas kaller uttalelsen fra Abbas uakseptabel og mener at den kan bidra til økt antisemittisme.
Store branner herjer: - En svært komplisert situasjon
Misforstått
Onsdag forsøkte Abbas å dempe kritikken og hevdet at han ble misforstått under besøket i Tyskland.
– Holocaust var den mest avskyelige forbrytelsen i moderne historie, sier han til det palestinske nyhetsbyrået Wafa.
Abbas understreket videre at han med uttalelsen ikke forsøkte å så tvil om omfanget av holocaust, men at han ønsket å rette søkelyset mot forbrytelser og massakrer begått av israelske styrker mot det palestinske folk siden 1947.
(©NTB)
