63 av dødsfallene skjedde i Bangsamoro-regionen på Mindanao-øya sør i landet.
Minst 128 personer er skadd, og 36 personer står oppført som savnet etter uværet.
Over 355.000 mennesker har flyktet fra hjemmene sine som følge av stormen, som herjet i landet i forrige uke og over helgen. Stormen har beveget seg bort fra Filippinene, men en ny tropisk storm er på vei mot landets østkyst. Den er ventet å føre til mer regn torsdag, men vil trolig ikke bli like sterk som Nalgae.